顺流而下, 把梦做完

2011最后一个月把搬家,论文的reversion搅到一块,忙得晕头转向,虽然不是很完美,但是两件都顺利完成。

总结一下自己一年做过的事:

个 体医疗(Personal medicine)是今年很热的话题。如何在10多万基因芯片找到有用的标记(marker)是件很有意思的事情,因为在癌症患者中,用药过猛是个很大的 问题,很多人不是死于癌症本生,而是过度治疗后病人虚弱的身体很难抵御其他病毒的入侵。 所以如果能找到癌症复发(relapse)的基因标识(gene marker),就可以给临床医生用药建议,减少癌症患者的死亡率。 也许某天,基因检测也想普通的血检一样方便和简单。 基于这个思想我们发展了一个把蛋白质-蛋白质作用网络(PPI)作为先验信息整合到癌症患者的芯片表达数据(mRNA)中,来寻找marker基因。在尝 试了无数个支持向量机(SVM)的分类器之后,我们得出一个有点沮丧,但要有点小喜悦的结果:简单的整合PPI和mRNA,很难提高marker的预测精 度,而从2007年到现在,这方面的研究都支持整 合PPI到mRNA中能显著地提高marker的预测精度! 之后,在6个常用的乳腺癌数据集中,我们比较了其他的14中公认最好的分类方法,结果支持我们的新发现。接着整理思路,画图和写文章。在八月终于把文章写 完投BMC bioinformatics。期间体会德国导师的对文章每一个细节的精准要求,前后修改了5次才最后定稿。两个月后2个审稿人的意见出来,虽然评审意见 很positive,但是没人提了7个修改意见。 花了两个月的紧张计算,完成了修改,从新在12月初吧reversion提交了。 在4个月的紧张之后,完成了初稿和修改稿,正如导师在最后给我的 从新提交的邮件中说的“Good luck to your ms, I hold my thumbs!”。BMC一直宣称快速审稿,快速发表,但从我的经历上我觉的那也是浮云啊。

看 到这一年写的一万多行R程序,感觉功夫不负有心人。在导师的建议下,我在一个个程序进行注释和整合,之后准备把这些程序成和一个R软件和一篇文章投 Bioinforamtics,还好程序注释的英语要求没有文章那么严格,工作量还是比较大。在尝试了这么多SVM后,导师要接受邀请为一本生物学杂志的 邀请写一篇biomarker的综述文章,让我来负责这篇文章的方法部分,现在方法部分已经基本完成,文章预计于2012年2月交稿。

注意到把PPI简单地整合到SVM分类器中不能有效的改进marker的预测精度和稳定性,我把目光转移回生物学问题,重返生物学的问题也学我们能找到更有意义的分类器。 和导师细谈后,我们决定了新的研究方向,开始新的尝试。

2010 年9月开始接触机器学习及其算法,2010年10月开始R编程,2010年11月开始正式进入课题。有点小幸运,来德1年4个月,完成3篇小文章。有时感 觉做科研和婚姻很像,遇到对的人不费吹灰之力,各个环节就会慢慢打开,你需要倾注的就是投入,耐心,努力和坚持。 在过去4年中,我很多时候都感觉我几乎不能坚守下去,有几次濒临放弃的边缘,但是还是坚持下来了。

年 末了,想到这几年的为了寻找一个读博士的机会,从山上飘到海边,从那边飘到北边, 一路坎坷,一路伤痕。在豆瓣上小资时候看到一句“顺流而下, 把梦做完”! 是啊,生命中其实不需要太多大理想,大口号,活好当下,努力地,刻苦地做好现在,顺流历史长河而下,继续把梦做完就OK了!

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