Sclust package update to v1.1

Current release: v1.1 (21/March/2019)

  • updated hg19 exome partitions and annotations
  • added genome build hg38
  • updated SNP database to be compatible with ICGC PCWAG project
  • download link: http://www.uni-koeln.de/med-fak/sclust/Sclust.tgz (3.41GB, if your download locate in China, the download speed of this site is much more faster: rj.run/downloads/Sclust.tgz for china mainland )
  • Former release: v1.0
  • as published inCopy-number analysis and inference of subclonal populations in cancer genomes using Sclust. Cun, Yupeng and Yang, Tsun-Po and Achter, Viktor and Lang, Ulrich and Peifer, Martin. Nature Protocols, 2018

玉溪融建信息公司来访生物信息学研究组

玉溪融建信息公司的郭总带着其研发团队来访问我们的生物信息学研究组,双方就基因组数据的从头组装、遗传变异分析及需要做这些计算分析所学CPU、GPU和TPU技术和资源进行了广泛的讨论。 玉溪融建我们和昆明蓝典科技公司合作的”生物大数据云计算联合实验室“的主要计算资源合作伙伴,我们期待着能和前沿的信息公司在生物云计算方面展开更多的合作,以期望在算法和计算资源方面有更大的突破。

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日本国立遗传所的Saitou教授来访

11月1号,我们有幸邀请到日本三岛国立遗传学研究所群体遗传学部的Saitou Naruya教授给我们昆明植物所做一个系统发育树构建方法的讲座题为:Characteristics of molecular phylogenies and methods to construct phylogenetic trees。顺便还请到了德州大学的符云新教授,Saitou教授的助手Jinan博士和云南大学的柳树群教授、于黎教授参与了讲座和讲座后的讨论。

Saitou教授是在分子演化领域做了许多重要贡献,其代表作是系统发育树里的NJ法(从1987发表到现在已被引用了5万次以上)。这次讲座他将给介绍系统发育树构建方法的简史,并介绍其最新发展的基于全基因数据上万个位点进行快速构树的“swift NJ”法。Saitou教授的这个方法是对基因组时代的大规模数据构建系统发育树大胆尝试。

Saitou教授的讲座得到在昆明师生的热烈欢迎!

sdrcof