Sclust package update to v1.1

Current release: v1.1 (21/March/2019)

  • updated hg19 exome partitions and annotations
  • added genome build hg38
  • updated SNP database to be compatible with ICGC PCWAG project
  • download link: http://www.uni-koeln.de/med-fak/sclust/Sclust.tgz (3.41GB)
  • Former release: v1.0
  • as published inCopy-number analysis and inference of subclonal populations in cancer genomes using Sclust. Cun, Yupeng and Yang, Tsun-Po and Achter, Viktor and Lang, Ulrich and Peifer, Martin. Nature Protocols, 2018

招聘联合培养研究生及本科实习生

我们欢迎毕业生来我们组做生物信息学相关的计算机、统计学和生物学的毕业论文设计和实习!对于入选的联合培养的硕士研究生,我们每月将发放800元以上的科研岗位补贴,此外还有完成规定任务和发表文章的奖励。我们的目标是让能做事的同学享受和国科大研究生一样的津贴。现在实验室开放的客座研究生课题有:

  • 高通量基因组数据的组装和分析流程的优化(需要良好Python,unix shell等编程基础)
  • 网络数据的分析(需要良好的数学基础和R编程基础)
  • 多组学数据的网络整合方法(需要良好的数学基础和R编程基础)

如果你还有一年以上的时间,同时对如何用机器学习和统计学来分析大数据感兴趣,并准备为之付出你的努力,欢迎来邮件或直接到我们办公室咨询面谈。物理学、计算机、通信工程、统计学、计算数学类的研究生或对数据分析感兴趣的研究生都可。

联系邮箱: cunyupeng{@}mail.kib.ac.cn, 地址:中科院昆明植物所种质库。

同时,也欢迎有志于生物信息算法研究的高年级本科生来实验室实习,我们将根据个人情况提供200~500元/月的生活补贴。

Continue reading

日本国立遗传所的Saitou教授来访

11月1号,我们有幸邀请到日本三岛国立遗传学研究所群体遗传学部的Saitou Naruya教授给我们昆明植物所做一个系统发育树构建方法的讲座题为:Characteristics of molecular phylogenies and methods to construct phylogenetic trees。顺便还请到了德州大学的符云新教授,Saitou教授的助手Jinan博士和云南大学的柳树群教授、于黎教授参与了讲座和讲座后的讨论。

Saitou教授是在分子演化领域做了许多重要贡献,其代表作是系统发育树里的NJ法(从1987发表到现在已被引用了5万次以上)。这次讲座他将给介绍系统发育树构建方法的简史,并介绍其最新发展的基于全基因数据上万个位点进行快速构树的“swift NJ”法。Saitou教授的这个方法是对基因组时代的大规模数据构建系统发育树大胆尝试。

Saitou教授的讲座得到在昆明师生的热烈欢迎!

sdrcof

iFlora生物信息学中心开始招人了

我们“iFlora生物信息学中心”隶属中国科学院昆明植物研究所西南野生生物种质资源库,由寸玉鹏研究员领衔组建。我们主要从事机器学习为主的生物信息算法研究,开展植物多样性与系统发育基因组学、比较和功能基因组学的研究。欢迎生物信息学、数量/理论群体遗传学、理论生态学、信息学类、统计/数学专业的博士、硕士申请!我们对专业能力及要求:
1. 至少熟练拥有一种或多种语言的编程能力:R, Python, C/C++;具有较强的统计学建模基础或算法的软件实现经验;
2.已取得以下专业硕士/博士学位的申请者优先:生物信息学/机器学习/统计学/生态学;
3. 语言能力:具有良好的中英文的写作和语言交流能力;
4. 对科学有强烈的兴趣、并具备良好的合作精神和对工作勤恳负责并对知识有孜孜以求的旺盛精力。

博士后工资1.4~1.6万/月(税前)-> 特别优秀者可入编助理研究员, 工资1万/月(税前),再加上0.5~3万的年终奖。硕士毕业生工资0.43~0.6万/月(税前),再加上0.5~3万的年终奖。欢迎邮件咨询(cunyupeng{@}mail.kib.ac.cn)和直接来我们实验室面谈。 

Continue reading

中性理论五十年

今年是中性理论提出的五十周年,翻到以前的写的一篇小文纪念一下。

中性突变——随机漂变假说 
木村资生的分子演化理论的“中性突变——随机漂变假说”即“中性演化学说”,简单地可以比喻为:很大的一群人去买彩票,假设没有内幕操作,这个群体中每一个中奖的概率应该是一样(和你的肤色、学理、财富无关,也就是没有选择偏好)。在理论群体学的文章中,你会常常看到这样的描述:

Continue reading

我在中科院昆明植物开始新的研究

在经历了短暂的公司研发后, 从2018年7月起, 我又回到学术圈在中国科学院昆明植物所做PI,领导一个生物信息学研究的实验室,从事二代、三代基因组数据的从头组装、遗传变异分析和相关的比较基因组学研究。 研究方向主要侧重于应用统计/概率论理论,机器学习(统计学习)算法到最新的计算生物学问题中,特别关注的数据是植物基因组。

欢迎有兴趣的同仁加盟我们实验室。实验室现有助理研究员、博士后、研究生和客座研究生等职位开放,欢迎有计算机、数学、物理或具有生物信息应用技术背景的人应聘。

IMG_20170218_161648