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group introduction

Our major research interest concerns the development of statistical and machine learning methods and softwares for computational biology. I am particularly interested in complex biological data modeling, such as high-throughput genomic data, network biology, population genomics and related evolutionary problems. Currently, my research projects are mainly focus on following topics:

  • computational genomics
  • network biology
  • population genomics
  • machine learning

我们的研究主要是发展基于机器学习和统计学的计算生物学模型来理解生物复杂性,主要的研究方向如下:

  • 开发和优化针对植物基因组的高质量基因组组装技术;
  • 发展新的算法用于发现基因中的突变、重组、基因拷贝数变异等遗传变异;
  • 发展新的模型用于RNAseq、表观遗传学、chi-seq、单分子测序数据的分析;
  • 构建机器学习模型对上万种植物进行分类鉴定;
  • 大规模基因组计算的云平台构建。
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Sclust package update to v1.1

Current release: v1.1 (21/March/2019)

  • updated hg19 exome partitions and annotations
  • added genome build hg38
  • updated SNP database to be compatible with ICGC PCWAG project
  • download link: http://www.uni-koeln.de/med-fak/sclust/Sclust.tgz (3.41GB, if your download locate in China, the download speed of this site is much more faster: rj.run/downloads/Sclust.tgz for china mainland )
  • Former release: v1.0
  • as published inCopy-number analysis and inference of subclonal populations in cancer genomes using Sclust. Cun, Yupeng and Yang, Tsun-Po and Achter, Viktor and Lang, Ulrich and Peifer, Martin. Nature Protocols, 2018

招聘生物信息工作人员(3~5人)

我们研究组(iFlora生物信息学研究组)主要从事以机器学习为主的生物信息算法研究,同时我们与昆明植物所李德铢研究员大团队,昆明动物所的孔庆鹏研究员,四川大学华西医院精准医学中心,云南省肿瘤医院在植物基因组、人类(癌症)基因组学研究的上有深入的合作。此外,我们和云南蓝典科技公司和玉溪融建信息技术公司建立了联合实验室开展组学数据的云计算平台开发。现因研究团队发展的需要,公开招聘多名从事生物信息学的科研人员,具体招聘岗位及要求如下:

一、助理研究员及博士后(1-2名)              

(一)招聘条件

1. 具有博士学历,在信息类、数学/统计学、物理学、生物信息学等专业毕业,并具备C/C++, R, Python等编程基础和统计学/机器学习数据分析经验,在国际期刊上以第一作者发表过研究论文。

2. 热爱科研、对工作认真负责、勤奋努力;

3. 有良好的团队合作精神及英语阅读和中英文写作能力。

4. 博士后研究人员按照全国博管会和研究所要求招收。详见昆明植物研究所博士后招聘启事http://www.kib.ac.cn/rczp/bshzs/201709/t20170912_4858904.html

(二)工作职责及待遇

1.主要从事植物基因的组装和比较基因组学研究的新方法和新策略;

2.协助团队筹建和管理实验室;

3.独立和协助申请和承担相关的研究课题。

(三)待遇

1.住房:研究所为博士后人员提供博士后公寓,单身的两人合住一套,有家属随行可单独安排一套。

2.薪酬:每月7000-15000元左右(由基本工资、岗位津贴、基础性绩效津贴三部分构成),年底根据工作具体情况还可享受奖励性绩效津贴。 

3. 住房补贴:600元/月。

4. 按照相关规定享受社会保险和住房公积金。  

5.日常管理:按照博管会和研究所相关规定执行。   

二、研究助理(3-5名)

(一)招聘条件

1、具有硕士学位或者非常优秀的本科毕业生,在有信息学类、统计学、物理学、生物信息学等领域具备一定理论分析能力和坚实的C/C++、Python、R编程基础。在国际期刊上发表过研究论文优先考虑;

2、具有强烈的责任心和上进心,能够在课题组长的指导下完成相关研究的数据分析和编程工作,有志于做出一流的科研成果,勤奋努力、服从安排、踏实好学,有良好的人际沟通能力,富有团队协作精神。

(二)待遇

属项目聘用,按照研究所管理规定执行,享受国家规定的五险一金。工作过渡期满成绩优异者可申报研究所事业编制岗位或推荐至国外知名实验室深造。

三、招聘程序

(一)报名、初审和面试

1.报名截止时间:招到合适人选为止。

2.报名材料:应聘者需填报提交《中国科学院昆明植物研究所应聘人员基本情况登记表》和《中国科学院昆明植物研究所岗位应聘报名表》(见附件)和本人学历以及相关资格证书材料,以电子邮件方式发至联系人邮箱。

3.初审和面试:课题组根据应聘者提供履历和应聘岗位工作设想材料,对应聘者进行资格审查,资格审查通过者将通知参加面试。未通过资格审查者恕不另行通知。

四、联系方式:

请将应聘材料发至以下邮箱,标题请注明“应聘- iFlora生物信息学研究-姓名”。

电子邮件:cunyupeng@mail.kib.ac.cn

地址:云南省昆明市蓝黑路132号 中国科学院昆明植物研究所

邮政编码:650201

研究组网页: https://cunlab.org

玉溪融建信息公司来访生物信息学研究组

玉溪融建信息公司的郭总带着其研发团队来访问我们的生物信息学研究组,双方就基因组数据的从头组装、遗传变异分析及需要做这些计算分析所学CPU、GPU和TPU技术和资源进行了广泛的讨论。 玉溪融建我们和昆明蓝典科技公司合作的”生物大数据云计算联合实验室“的主要计算资源合作伙伴,我们期待着能和前沿的信息公司在生物云计算方面展开更多的合作,以期望在算法和计算资源方面有更大的突破。

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招聘联合培养研究生及本科实习生

我们欢迎毕业生来我们组做生物信息学相关的计算机、统计学和生物学的毕业论文设计和实习!对于入选的联合培养的硕士研究生,我们每月将发放800元以上的科研岗位补贴,此外还有完成规定任务和发表文章的奖励。我们的目标是让能做事的同学享受和国科大研究生一样的津贴。现在实验室开放的客座研究生课题有:

  • 高通量基因组数据的组装和分析流程的优化(需要良好Python,unix shell等编程基础)
  • 网络数据的分析(需要良好的数学基础和R编程基础)
  • 多组学数据的网络整合方法(需要良好的数学基础和R编程基础)

如果你还有一年以上的时间,同时对如何用机器学习和统计学来分析大数据感兴趣,并准备为之付出你的努力,欢迎来邮件或直接到我们办公室咨询面谈。物理学、计算机、通信工程、统计学、计算数学类的研究生或对数据分析感兴趣的研究生都可。

联系邮箱: cunyupeng{@}mail.kib.ac.cn, 地址:中科院昆明植物所种质库。

同时,也欢迎有志于生物信息算法研究的高年级本科生来实验室实习,我们将根据个人情况提供200~500元/月的生活补贴。

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日本国立遗传所的Saitou教授来访

11月1号,我们有幸邀请到日本三岛国立遗传学研究所群体遗传学部的Saitou Naruya教授给我们昆明植物所做一个系统发育树构建方法的讲座题为:Characteristics of molecular phylogenies and methods to construct phylogenetic trees。顺便还请到了德州大学的符云新教授,Saitou教授的助手Jinan博士和云南大学的柳树群教授、于黎教授参与了讲座和讲座后的讨论。

Saitou教授是在分子演化领域做了许多重要贡献,其代表作是系统发育树里的NJ法(从1987发表到现在已被引用了5万次以上)。这次讲座他将给介绍系统发育树构建方法的简史,并介绍其最新发展的基于全基因数据上万个位点进行快速构树的“swift NJ”法。Saitou教授的这个方法是对基因组时代的大规模数据构建系统发育树大胆尝试。

Saitou教授的讲座得到在昆明师生的热烈欢迎!

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iFlora生物信息学中心开始招人了

我们“iFlora生物信息学中心”隶属中国科学院昆明植物研究所西南野生生物种质资源库,由寸玉鹏研究员领衔组建。我们主要从事机器学习为主的生物信息算法研究,开展植物多样性与系统发育基因组学、比较和功能基因组学的研究。欢迎生物信息学、数量/理论群体遗传学、理论生态学、信息学类、统计/数学专业的博士、硕士申请!我们对专业能力及要求:
1. 至少熟练拥有一种或多种语言的编程能力:R, Python, C/C++;具有较强的统计学建模基础或算法的软件实现经验;
2.已取得以下专业硕士/博士学位的申请者优先:生物信息学/机器学习/统计学/生态学;
3. 语言能力:具有良好的中英文的写作和语言交流能力;
4. 对科学有强烈的兴趣、并具备良好的合作精神和对工作勤恳负责并对知识有孜孜以求的旺盛精力。

博士后工资1.4~1.6万/月(税前)-> 特别优秀者可入编助理研究员, 工资1万/月(税前),再加上0.5~3万的年终奖。硕士毕业生工资0.43~0.6万/月(税前),再加上0.5~3万的年终奖。欢迎邮件咨询(cunyupeng{@}mail.kib.ac.cn)和直接来我们实验室面谈。 

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我在中科院昆明植物开始新的研究

在经历了短暂的公司研发后, 从2018年7月起, 我又回到学术圈在中国科学院昆明植物所做PI,领导一个生物信息学研究的实验室,从事二代、三代基因组数据的从头组装、遗传变异分析和相关的比较基因组学研究。 研究方向主要侧重于应用统计/概率论理论,机器学习(统计学习)算法到最新的计算生物学问题中,特别关注的数据是植物基因组。

欢迎有兴趣的同仁加盟我们实验室。实验室现有助理研究员、博士后、研究生和客座研究生等职位开放,欢迎有计算机、数学、物理或具有生物信息应用技术背景的人应聘。

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Sclust paper published on NP

After years fighting, our Sclsut paper published on Nature Protocols finally. Enjoy!

Yupeng Cun, Tsun-Po Yang, Viktor Achter*, Ulrich Lang, Martin Peifer, Copy number analysis and inference of subclonal populations in cancer genomes using Sclust. Nature Protocols, 2018,DOI: 10.1038/nprot.2018.033
Sclust download link: rj.run/downloads/Sclust.tgz)


Frequent Q&A on Sclust software package uses:

A new fast method for copy number calling, tissue purity estimating and subclone inferring in cancer genome

Our new methods final launched on Nature Protocols, where we developed a series of methods and related C++/R combined software package,  Sclust(around 1.5Gb,大文件谨慎载). In Sclust, you can do copy number calling, cancer tissue purity estimating and clone and subclone structure inferring from normal-tumor paired whole genome/exon sequencing data.

先总结一下,我们方法的有如下点:

1. 可以准确地做copy number calling, tumor purity estimating,subclonal inferring;

2. subclonal inferring的速度超级快。4000~6000 个SNVs 的 clonal inferring 过程在个人电脑上只需3到5秒。

3. sclust 给出了每个集群的倍数树变异,目前只有少数个软件提供这个功能。

欢迎使用软件,欢迎咨询,欢迎交流。

联系邮件:yp.cun@outlook.com。 下面是clonal 推断一些背景。

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