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Sclust package update to v1.1

Current release: v1.1 (21/March/2019)

  • updated hg19 exome partitions and annotations
  • added genome build hg38
  • updated SNP database to be compatible with ICGC PCWAG project
  • download link: http://www.uni-koeln.de/med-fak/sclust/Sclust.tgz (3.41GB, if your download locate in China, the download speed of this site is much more faster: rj.run/downloads/Sclust.tgz for china mainland )
  • Former release: v1.0
  • as published inCopy-number analysis and inference of subclonal populations in cancer genomes using Sclust. Cun, Yupeng and Yang, Tsun-Po and Achter, Viktor and Lang, Ulrich and Peifer, Martin. Nature Protocols, 2018

教师节忆彭守礼老师


彭守礼老师离我们而去已经一年多了,借此教师节之际怀念恩师,感谢恩师对我的教诲、关心和帮助。

上世纪末,当我还在滇西北偏远乡村中学读高中时,就有幸听到刚从云大物理系毕业而未能考上彭老师研究生的物理老师讲现代物理学,以及彭老师对他的教诲和鼓励。那时,就萌发了有机会一定要读彭老师研究生的想法。虽然高考失利没能进入云大物理系学习,但有幸通过物理系和老师的推荐,在大一时就找到了彭老师,并进入他领导的非线性复杂系统中心学习,四年后考上物理系的研究生,在非线性复杂系统中心完成物理和数学交叉的课程学习。那时,彭老师已经退休,但还是和杨光俊老校长一起给我们开了两门课《傅里叶分析和小波分析》和《分形数学》(此课是彭老师最后主讲的课程)。此外彭老师还和赵树松老师给我们开设了一学期的《物理学中的数学分析》研讨课。这些课程为我后来研究生物与数学的交叉课题打下了坚实的基础,比如用福克-普朗克方程来研究突变在等位基因突变倍增复制中的命运,统计学习中的希尔伯特变换。直至后来我赴波恩大学学习,那里的教学方法就是彭老师当年的这种授课方式,让我顿时感觉到在云大科学馆4楼度过的那段美好时光。由于当时中心没有老师做生物信息,在彭老师的许可下,我找到正在云大当特聘客座教授的符云新老师作为共同指导老师学习理论遗传学。
在入彭老师门下之前,听说彭老师大学毕业参加原子弹的研究,下放劳动过,也在美国乔治亚理工大学访学4年多,也对彭老师浓厚的川音印象深刻。彭老师在高能物理和非线性复杂系统研究邻域做了大量的工作,并据此作为2003年度的中科院院士候选人。在学科建设方面,他带领了一大批老师在云南建立复杂系统的研究,连续两次获得云南省科学技术一等奖。彭老师联合云南天文台为云大申请到理论物理的博士点、博士后工作站;联合软件学院和数统学院的老师申请西南地区第一个系统分析与集成博士点和博士后工作(很可惜这个系统分析与集成的博士点后来被取消了)。
我很幸运在彭老师的余热下,得到他的很多指点和提携。郝柏林先生,方福康教授、李泓谦教授来访云大,彭老师都安排我参与去接待,让我和顶级专家学习和接触。08年离昆一直到16年底返回昆明,期间都没能去拜访彭老师。18年初给彭老师写了一封信想去拜访他,但一直没回音(后来才知道彭老师这时是在癌症手术后的调养期)。 没想几个月后,曹克非老师通知说彭老师已经离我们而去。想前往吊唁,但彭老师生前嘱咐一切从简,只安排亲属和曹克非老师去办理,杨光俊老校长也闻讯前去悼念。没想08年和彭老师、师母和李泓谦教授的聚会,尽然是和彭老师的永别之餐。 追忆其往昔,心中不胜悲伤。
2018年,非线性复杂系统研究的早期先驱和引领者郝柏林先生,北师大的方福康先生,彭老师先后逝去,不禁感叹大师时代的过去。对我们后学来说,如何继承先辈的精神,做好现在的工作是对先生们最好的纪念吧!
在彭老师逝世一周年忌时,恰好看到在英格兰公共卫生署工作的张许生师兄发来的纪念彭老师的小文。得到他的许可后我就贴在这里纪念彭老师。

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玉溪融建信息公司来访生物信息学研究组

玉溪融建信息公司的郭总带着其研发团队来访问我们的生物信息学研究组,双方就基因组数据的从头组装、遗传变异分析及需要做这些计算分析所学CPU、GPU和TPU技术和资源进行了广泛的讨论。 玉溪融建我们和昆明蓝典科技公司合作的”生物大数据云计算联合实验室“的主要计算资源合作伙伴,我们期待着能和前沿的信息公司在生物云计算方面展开更多的合作,以期望在算法和计算资源方面有更大的突破。

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招聘联合培养研究生及本科实习生

我们欢迎毕业生来我们组做生物信息学相关的计算机、统计学和生物学的毕业论文设计和实习!对于入选的联合培养的硕士研究生,我们每月将发放800元以上的科研岗位补贴,此外还有完成规定任务和发表文章的奖励。我们的目标是让能做事的同学享受和国科大研究生一样的津贴。现在实验室开放的客座研究生课题有:

  • 高通量基因组数据的组装和分析流程的优化(需要良好Python,unix shell等编程基础)
  • 网络数据的分析(需要良好的数学基础和R编程基础)
  • 多组学数据的网络整合方法(需要良好的数学基础和R编程基础)

如果你还有一年以上的时间,同时对如何用机器学习和统计学来分析大数据感兴趣,并准备为之付出你的努力,欢迎来邮件或直接到我们办公室咨询面谈。物理学、计算机、通信工程、统计学、计算数学类的研究生或对数据分析感兴趣的研究生都可。

联系邮箱: cunyupeng{@}mail.kib.ac.cn, 地址:中科院昆明植物所种质库。

同时,也欢迎有志于生物信息算法研究的高年级本科生来实验室实习,我们将根据个人情况提供200~500元/月的生活补贴。

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日本国立遗传所的Saitou教授来访

11月1号,我们有幸邀请到日本三岛国立遗传学研究所群体遗传学部的Saitou Naruya教授给我们昆明植物所做一个系统发育树构建方法的讲座题为:Characteristics of molecular phylogenies and methods to construct phylogenetic trees。顺便还请到了德州大学的符云新教授,Saitou教授的助手Jinan博士和云南大学的柳树群教授、于黎教授参与了讲座和讲座后的讨论。

Saitou教授是在分子演化领域做了许多重要贡献,其代表作是系统发育树里的NJ法(从1987发表到现在已被引用了5万次以上)。这次讲座他将给介绍系统发育树构建方法的简史,并介绍其最新发展的基于全基因数据上万个位点进行快速构树的“swift NJ”法。Saitou教授的这个方法是对基因组时代的大规模数据构建系统发育树大胆尝试。

Saitou教授的讲座得到在昆明师生的热烈欢迎!

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iFlora生物信息学中心开始招人了

我们“iFlora生物信息学中心”隶属中国科学院昆明植物研究所西南野生生物种质资源库,由寸玉鹏研究员领衔组建。我们主要从事机器学习为主的生物信息算法研究,开展植物多样性与系统发育基因组学、比较和功能基因组学的研究。欢迎生物信息学、数量/理论群体遗传学、理论生态学、信息学类、统计/数学专业的博士、硕士申请!我们对专业能力及要求:
1. 至少熟练拥有一种或多种语言的编程能力:R, Python, C/C++;具有较强的统计学建模基础或算法的软件实现经验;
2.已取得以下专业硕士/博士学位的申请者优先:生物信息学/机器学习/统计学/生态学;
3. 语言能力:具有良好的中英文的写作和语言交流能力;
4. 对科学有强烈的兴趣、并具备良好的合作精神和对工作勤恳负责并对知识有孜孜以求的旺盛精力。

博士后工资1.4~1.6万/月(税前)-> 特别优秀者可入编助理研究员, 工资1万/月(税前),再加上0.5~3万的年终奖。硕士毕业生工资0.43~0.6万/月(税前),再加上0.5~3万的年终奖。欢迎邮件咨询(cunyupeng{@}mail.kib.ac.cn)和直接来我们实验室面谈。 

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中性理论五十年

今年是中性理论提出的五十周年,翻到以前的写的一篇小文纪念一下。

中性突变——随机漂变假说 
木村资生的分子演化理论的“中性突变——随机漂变假说”即“中性演化学说”,简单地可以比喻为:很大的一群人去买彩票,假设没有内幕操作,这个群体中每一个中奖的概率应该是一样(和你的肤色、学理、财富无关,也就是没有选择偏好)。在理论群体学的文章中,你会常常看到这样的描述:

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