Category Archives: Computational Genomics

Post Doc Opportunity on Bioinformatics (Kunming,China)

Post Doc Opportunity on Bioinformatics

The iFlora Bioinformatics Center of the Kunming Institute of Botany (Kunming, Yunnan), Chinese Academy of Sciences is offering TWO, 3-year post doc position which funded by the Chinese Academy of Sciences.

Team description

Plant diversity and genomics research team is a big team led by Prof. Dezhu Li in Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences. The big team’s studies include plant diversity and phylogenetic genomics, comparative and functional genomics, the development of iFlora and the conservation and utilization of wild germplasm resources. iFlora Bioinformatics center is an important part of the big team, set up at July 2018 and lead by Prof. Yupeng CUN. His research is mainly foucus on the development of bioinformatics algorithms, machine learning models for genomics, comparative and functional genomics.

Your tasks:

Successful candidate will work with the team in researching new methods and strategies for species identification and classification algorithms with plant genome and pictures, managing graduate students and High Performance Computing resources, applying and undertaking research projects independently.

Your profile:

-PhD degree in Informatics, Statistics, Bioinformatics, Ecology, Population genetics or a related field

-Basic programming knowledge in C/C++, R or Python

-Experience in statistics/machine learning data analysis

-Published research papers as the first author in international journals or made outstanding data analysis contributions in important academic papers

-Able to design experiments, communicate well and collaborate with the team

-Proficiency in scientific English, spoken and writing

-Respect for the cultures and religion of local, minority people

KIB and our lab will pay 14 000 ~16 000 Yuan (RMB) per month (before tax). Annual salary is 168 000 ~19200 (average salary in Kunming is about 6000 Yuan per month). The KIB and our lab will provide bonus salaries for high quality performances (such as publications in important journals) at the end of year. Candidates can also apply for additional funding resources in China for the post doc project, i.e. PIFI of Chinese Academy of Sciences. PIFI link: http://english.cas.cn/cooperation/fellowships/201503/P020180904601127117142.jpg.

Successful candidate will work with Prof. Yupeng Cun and other team members and Masters degree students. This position is no deadline until the successful candidate is awarded.

Please contact with Dr. Yupeng Cun (cunyupeng@mail.kib.ac.cnn). Don’t hesitate to write us for more information.

我们继续招聘生物信息学博士后

中国科学院昆明植物研究所植物多样性与基因组学大研究团队是由李德铢研究员领衔的大研究团队,主要开展植物多样性与系统发育基因组学、比较和功能基因组学、iFlora研制与野生种质资源保藏和利用研究,围绕研究所三个重大突破中的“引领iFlora研究计划”和“植物种质资源与产业发展”开展相关研究工作,并提供iFlora综合服务。iFlora生物信息研究团队是大研究团队的重要组成部分,团队负责人寸玉鹏正高级工程师为2018年引进的海外杰出人才,主要从事以机器学习为主的生物信息算法研究,同时开展植物多样性与系统发育基因组学、比较和功能基因组学研究。因团队发展需要,现公开招聘数名从事生物信息学的博士后研究人员1-2名,具体事宜如下: 

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日本国立遗传所的Saitou教授来访

11月1号,我们有幸邀请到日本三岛国立遗传学研究所群体遗传学部的Saitou Naruya教授给我们昆明植物所做一个系统发育树构建方法的讲座题为:Characteristics of molecular phylogenies and methods to construct phylogenetic trees。顺便还请到了德州大学的符云新教授,Saitou教授的助手Jinan博士和云南大学的柳树群教授、于黎教授参与了讲座和讲座后的讨论。

Saitou教授是在分子演化领域做了许多重要贡献,其代表作是系统发育树里的NJ法(从1987发表到现在已被引用了5万次以上)。这次讲座他将给介绍系统发育树构建方法的简史,并介绍其最新发展的基于全基因数据上万个位点进行快速构树的“swift NJ”法。Saitou教授的这个方法是对基因组时代的大规模数据构建系统发育树大胆尝试。

Saitou教授的讲座得到在昆明师生的热烈欢迎!

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欢迎葛林梅加入我们的团队

葛林梅硕士毕业于浙江大学,2018年10月中旬加入我们团队从事生物信息和植物基因组学的研究!葛林梅硕士期间以第一作者发表SCI文章1篇,核心期刊1篇,其中《双生病毒(Geminiviruses)的种群遗传结构和进化》研究结果以第一作者发表Journal of Virology (IF2007=5.332),该文现已被他引100多次并被权威期刊Nature Reviews Genetics作为重要结果介绍。

我们团队继续招聘博士后、研究助理,客座研究生和本科实习生,欢迎对计算生物学和生物信息学感兴趣的同仁来信咨询。

欢迎时有财加入我们的团队

时有财硕士毕业于中科院昆明植物所,于2018年9月底以研究助理的身份加入我们团队从事生物信息和植物系统学的研究!

我们团队继续招聘博士后、研究助理,客座研究生和本科实习生,欢迎对计算生物学和生物信息学感兴趣的同仁来信咨询。

 

iFlora生物信息学中心开始招人了

我们“iFlora生物信息学中心”隶属中国科学院昆明植物研究所西南野生生物种质资源库,由寸玉鹏研究员领衔组建。我们主要从事机器学习为主的生物信息算法研究,开展植物多样性与系统发育基因组学、比较和功能基因组学的研究。欢迎生物信息学、数量/理论群体遗传学、信息学类、统计/数学专业的博士、硕士申请!

我们对专业能力及要求:
1. 至少熟练拥有一种或多种语言的编程能力:R, Python, C/C++;具有较强的统计学建模基础或算法的软件实现经验;
2.已取得以下专业硕士/博士学位的申请者优先:生物信息学/图论/机器学习/统计学;
3. 语言能力:具有良好的中英文的写作和语言交流能力;
4. 对科学有强烈的兴趣、并具备良好的合作精神和对工作孜孜以求的旺盛精力。

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中性理论五十年

今年是中性理论提出的五十周年,翻到以前的写的一篇小文纪念一下。

中性突变——随机漂变假说 
木村资生的分子演化理论的“中性突变——随机漂变假说”即“中性演化学说”,简单地可以比喻为:很大的一群人去买彩票,假设没有内幕操作,这个群体中每一个中奖的概率应该是一样(和你的肤色、学理、财富无关,也就是没有选择偏好)。在理论群体学的文章中,你会常常看到这样的描述:

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