our ESCC single cell and stRNA data analysis published in Theranostics

Posted on 10/11/2025 by Y. Cun

We integrated single-cell RNA sequencing data from seven datasets (192 ESCC patients, >440k cells) and spatial transcriptomics to delineate the tumor microenvironment (TME) landscape of esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) during progression and immunotherapy response. B-lineage cells decreased with tumor progression but accumulated in immunotherapy-resistant cases. Resistant tumors harbored a malignant subpopulation with elevated cholesterol biosynthesis. Spatial and communication analyses revealed that these cholesterol-biosynthetic tumor cells interacted with germinal center B cells in tertiary lymphoid structures. Mechanistically, tumor-derived MIF disrupted B cell immunity by competing with CXCL12–CXCR4 signaling through MIF–CXCR4 binding.

MIF-expressing tumor cells mediate immunotherapeutic resistance in esophageal squamous cell carcinoma

Jing Song¹, Xiaomei Song², Yue Xie¹, Hong Guo², Yupeng Cun¹

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重返科隆/波恩

Posted on 29/06/2025 by Y. Cun

再次回到梦想开始的地方，见到了师友、参加博后实验室的labmeeting，在会场与顶尖大脑云集会议学习交流，尝了阔别多年的硬核面包、德式猪排、香肠，也品了各种科隆之水和科隆大学哲学院边的Espresso。在点咖啡时，博后导师和摊主说了我是10年后的重返科隆大学，并特意去她的小店时，近60岁的不会英语的lady默默地给我们赠送了一颗美味苹果派。借着写出国报告和总结的机会，顺带记录一下重返科隆/波恩学习交流的点滴吧。

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孼多糖疾病的单细胞多组学文章在SciRep上发表

Posted on 14/04/2025 by Y. Cun

来重医儿院做的第一个罕见病（2型孼多糖, MPS-II）患儿的单细胞多组学(single cell RNA/TCR/BCR)测序项目，发现了单核和巨噬细胞在疾病的治疗中有巨大的变化。这个项目来源于朱高慧老师在诊疗中的一个罕见病例，我们采用最新的组学技术，对单个患儿的多个治疗时间点进行了测序，从动态角度来研究疾病在治疗下不同细胞类群变化，为患儿用药后的细胞环境微环境及其作用靶点表达提供了一些新的视野。

罕见病的研究是典型的小样本/少样本学习问题，如何从多组学、多个时间探究单个病人治疗过程中de动态变化是一个很好的策略。罕见病难做，文章难发，从去年年初投稿到现在，经历了多轮投稿，拒稿，终于在线发表。文章虽小，罕见不应该被忽视，希望后续能结合实验做一些更要用的研究。这个工作是我的第一个博士谢玥完成，她从一个7年制临床研究生转型到生物信息，也是她在我组里的第一篇文章。