重庆的春夏之际，在一个明媚的下午，同课题组成员一起顺着龙门浩的狭窄小路拾级而上，选了一处好地方，远眺晚霞下的渝中半岛，高楼耸立，长江里波光粼粼，晒着暖阳，喝着普洱，这样午后绝对是重庆人一年中最好的光景。
此行亦是欢送我的第一个博后范金花出站，她在涪陵中心医院找到了合适的位置。金花在我组里的2年9个月时间里，她辅助我做了很多项目，同时也像个大姐一样帮我照顾着组里的成员。祝金花在涪陵一切顺利。
弹指一挥间，来渝已三年，希望和每一个学生都来一个“不如来不负卿”的相遇吧。
2025年研究组春游小记
Author Archives: Y. Cun
和唐雪梅主任合作的JIA患者免单细胞转录组文章在Genes & Diseases发表了
和唐主任合作的关于幼年特发性关节炎（JIA）单细胞转录组测序文章在Genes & Diseases上线了。3年前和唐主任一起就课题设计、数据分析开展了多次有益的讨论，唐主任的临床研究生刘云在我们组里和柳青一起开展了数据分析工作。这是我在儿童医院的第一个富有成效的合作结果，虽然投稿过程有点曲折。谢谢唐主任的支持和信任，3年前初到儿院时，遇到很多困难，唐主任借给我招聘技术员的名额，把最好数据给我们分析，支持我们团队。希望更多的成果出来，也希望大家多关注儿科疾病，特别是罕见病。
幼年特发性关节炎（英语：juvenile idiopathic arthritis，JIA）是儿童和青少年中最常见的关节炎类型。病名中的“幼年”是指 16 岁之前发病[2]，又被译为“儿童”；“特发性”是指没有明确原因的疾病，即病因不明症，也被译为“特异性”；“关节炎”是指关节滑膜的发炎（from Wikipedia）。
这个研究对14名JIA患者和4名健康个体的外周血样本进行了单细胞RNA测序。患者队列中包括各种JIA亚型。进行了功能分析，如伪时间轨迹和细胞通讯研究，以揭示JIA患者的免疫细胞变化。
继续阅读Whole-genome sequencing of Aconitum published
我们关于黄草乌和维西乌头的重测序的工作最近发表在BMC Plant Biology, 我们对150个乌头（A.vilmorinianum）进行了重新测序，其中102个来自栽培园，48个来自野外黄草乌，以及9个野生维西乌头样本。通过进化树和种群结构推断，我们检测到了A.vilmorinianum（黄草乌）的种群内分化。我们鉴定了47个DA生物合成基因，这些基因可能与基于全基因组重测序的DA特化高度相关。在这些基因中，616个显著的SNP和105个显著的InDels可以被开发为多态性分子标记，能够有效地识别A.vilmorinianum和A.weixiense（维西乌头）。这是我前面乌头基因组工作的继续（JIPB | 云大/重医附属儿童医院联合揭示乌头属植物中二萜生物碱合成基因起源与演化机制）。
在这项研究中，唯一的遗憾是没有对这些植株做乌头碱鉴定。同时维西乌头（低毒但有乌头碱）作为剧毒黄草乌的近缘物种，在野外几乎很难找到。维西乌头的基因组信息可为以后低毒甚至无毒的安全的药食两用乌头培养开发有重要的参考价值。
这是我们组博后代艺博士和四川农科院吴一磊博士的联合分析结果，恭喜代艺和一磊。乌头基因组项目开始于5年前与云南大学赵大克老师在昆明植物园元宝山上的一次长聊，几多波折，终于把乌头相关数据都整理出来发表了。
继续阅读
计算基因组学研究组 