经过几多波折，我们用血浆转录组来发现小肺化疗耐药相关的生物学标记物（gene signatures）工作终于在Front. Immunol.上见刊了。 由于小肺患者普遍不进行手术治疗，血浆转录组是一个低成本的耐药监测方式。在这篇文章里，我们和云南省肿瘤医院的杨润祥主任和杨芳医生合作，采用了我们团队之前发展的stSVM(2012 PloS One； 2013 Bioinformatics）、核心网络分析（2022 NanoToday，2023 JIPB）和别人的伪单细胞分析（Xcell）对17个小肺患者治疗前后的血浆转录组进行了系统分析，找到和原发耐药（primary resistance）相关的几个基因 PRICKLE3, TNFSFI0, ACSLl and EP300。血浆的东西太混杂，如何从里面找到有效的biomarker来监控肿瘤治疗过程中的分子变异是个非常有挑战性的工作。 我在这里做了一个小尝试，希望能给这个领域的biomaker 发现提供一些方法的路线建议。在这篇文章里，金花也完成了从wet-lab到dry-lab的升级。