11月1号，我们有幸邀请到日本三岛国立遗传学研究所群体遗传学部的Saitou Naruya教授给我们昆明植物所做一个系统发育树构建方法的讲座题为：Characteristics of molecular phylogenies and methods to construct phylogenetic trees。顺便还请到了德州大学的符云新教授，Saitou教授的助手Jinan博士和云南大学的柳树群教授、于黎教授参与了讲座和讲座后的讨论。
Saitou教授是在分子演化领域做了许多重要贡献，其代表作是系统发育树里的NJ法（从1987发表到现在已被引用了5万次以上）。这次讲座他将给介绍系统发育树构建方法的简史，并介绍其最新发展的基于全基因数据上万个位点进行快速构树的“swift NJ”法。Saitou教授的这个方法是对基因组时代的大规模数据构建系统发育树大胆尝试。
Saitou教授的讲座得到在昆明师生的热烈欢迎！
Yupeng Cun, Tsun-Po Yang, Viktor Achter*, Ulrich Lang, Martin Peifer, Copy number analysis and inference of subclonal populations in cancer genomes using Sclust. Nature Protocols, 2018，DOI: 10.1038/nprot.2018.033
Sclust download link: rj.run/downloads/Sclust.tgz)
Frequent Q&A on Sclust software package uses：
Our new methods final launched on Nature Protocols, where we developed a series of methods and related C++/R combined software package, Sclust（around 1.5Gb,大文件谨慎载）. In Sclust, you can do copy number calling, cancer tissue purity estimating and clone and subclone structure inferring from normal-tumor paired whole genome/exon sequencing data.
先总结一下，我们方法的有如下点：
1. 可以准确地做copy number calling， tumor purity estimating，subclonal inferring；
2. subclonal inferring的速度超级快。4000~6000 个SNVs 的 clonal inferring 过程在个人电脑上只需3到5秒。
3. sclust 给出了每个集群的倍数树变异，目前只有少数个软件提供这个功能。
欢迎使用软件，欢迎咨询，欢迎交流。
联系邮件：yp.cun@outlook.com。 下面是clonal 推断一些背景。
计算基因组学研究组 