三棱栎（Trigonobalanus doichangensis (A. Camus) Forman）隶属于壳斗科三棱栎属，目前仅分布于中国云南南部和泰国北部清迈。由于生境破坏和种群数量减少，目前已经被列入国家二级重点保护植物和极小种群野生植物，同时在世界自然保护联盟（IUCN）中列为濒危物种。
为了弄清三棱栎居群的现状与遗传多样性，更好地指导三棱栎的保护工作，植物系统发育与保护生物学研究组硕士研究生虎灵在孟宏虎副研究员和合作导师寸玉鹏研究员的指导下，对我国三棱栎分布范围内（普洱市大寨水库、西双版纳傣族自治州帕滇梁子、沧源县城边、沧源县南板村、孟连县灯盏寨、澜沧县东回乡）的6个居群39个个体进行了基因分型测序（Genotyping by sequencing），并开展了群体基因组学分析，从遗传多样性，遗传结构，遗传分化和基因流等方面对三棱栎进行了保护生物学研究。
继续阅读肿瘤DNA序列的亚克隆重建已成为肿瘤进化研究中的重要组成部分，为研究变异与突变过程的相对顺序提供了新的思路。在以往的研究中，多数研究是通过复现前人研究结果，在此基础上运行新的数据集，以验证分析软件的泛化能力，精确度和灵敏度，等等。然而，近年来逐渐增加的肿瘤进化分析软件，也为医生和研究人员的选择带来困难。如何选择最有效的一个或几个分析软件，如何评价这些软件的优劣，成为亟待解决的热门问题。为评估不断增长的肿瘤进化分析软件、给业内人士提供可靠的、清晰的数据分析信息，我们扩展了前人的工作，将12个肿瘤进化分析软件集成在同一平台内，并为12种软件提供了相应的输入数据的生成方式。使用者可以通过原始数据，即fastq文件，生成12种分析软件所需要的输入文件。此项工作旨在保证软件评估中数据来源相同，评价标准相同。在软件使用中，使用者可以通过参考12种软件的输出结果，对同一份样本测序文件进行更为全面的分析。
继续阅读COSINE: A Web Server for Clonal and Subclonal Structure Inferencing and Evolution in Cancer Genomics. COSINE is freely accessible at http://www.clab-cosine.net or http://bio.rj.run:48996/cun-web/.
我们在COSINE中对12种subclonal推断算法实现了界面化，用户可直接登录网址计算。欢迎测试和反馈使用体验。COSINE中的12种方法是：
计算基因组学研究组 